現(xiàn)行食品安全微生物學檢驗國家標準基本以培養(yǎng)分離法為主，而這些檢測方法由于人為干擾、交叉污染及其方法本身的局限性，會對檢測造成較大風險：可靠性較低、重現(xiàn)性較差、周期長、依賴專業(yè)人員的判斷能力和從業(yè)經(jīng)驗等主觀因素，耗費人力物力，導致檢測風險變大而效率變低，妨礙了標準化質(zhì)控管理，降低了用戶出具報告時的自信心。

　　調(diào)研發(fā)現(xiàn)，現(xiàn)行標準的執(zhí)行存在以下困難：首先，人為干擾：大量人工操作、主觀判斷因素等導致批間差異較大，缺乏重現(xiàn)性。其次，交叉污染：微生物環(huán)境、人員、器具和儀器之間易產(chǎn)生交叉污染。再次，經(jīng)驗缺乏：專業(yè)人員的培訓困難、耗時。同時實驗室檢驗人員的資質(zhì)、經(jīng)驗和主觀判斷力也極大影響了數(shù)據(jù)可靠性和檢驗結(jié)論的正確性。最后，方法存在許多局限：1、靈敏度和特異性低，漏檢率高：如沙門氏菌檢出率比分子生物學方法低12.5%，大腸桿菌O157:H7檢出率低45.3%。國內(nèi)食源性致病微生物監(jiān)測能力有限，漏檢率極高。WHO顯示，發(fā)展中國家的漏檢率>95%。2、培養(yǎng)基質(zhì)量：國內(nèi)的培養(yǎng)基質(zhì)量層次不齊，影響檢測結(jié)果。3、食品種類對檢出結(jié)果影響大：檢測結(jié)果易受抽樣品種和抽樣量影響。目前許多檢測法都沒通過權威機構(gòu)的方法確認，可靠性得到不到保障。4、背景菌干擾或目標菌的狀態(tài)問題突出：目標菌受背景菌干擾或處于非典型狀態(tài)，很難被培養(yǎng)和檢出。某些目標菌表型和血清型復雜，陽性菌落易被忽視或難以確認。5、任務繁重，工作量大而集中。6、人力、物力、時間成本大，傳統(tǒng)法檢測致病菌需要3—5天才能得到初步結(jié)果，無法滿足大工作量和處理突發(fā)事件的需要。

　　對乳品企業(yè)而言，自身的環(huán)境監(jiān)測和生產(chǎn)過程控制比樣品檢測更為重要。確保廠區(qū)內(nèi)潔凈作業(yè)區(qū)的設施和環(huán)境不會對產(chǎn)品帶來微生物污染，才能真正保證產(chǎn)品安全。而傳統(tǒng)的方法很難滿足微生物風險評估、監(jiān)測和污染溯源的需求。面對日益嚴峻的微生物風險的挑戰(zhàn)，面對如此之多棘手的檢測難題，面多越來越嚴格的法規(guī)要求，乳品企業(yè)急需基于DNA分析技術的高效檢測設備以滿足未來的應用需求。